По поводу меню, если такое было и раньше на этом шаблоне, тогда правьте css файла меню. Или же сопоставьте в настройках меню таким образом чтобы на главной отображалось нормально. т.е. по идее в Вашем случае это: Главная - 2; магазин - 3; о проекте - 1;
Не беспокойтесь, это ни на что не влияет кроме как отображение меню на страницах сайта.

По поводу mp3, по ссылке качаете скрипт, генерируете код и вставляете его к себе на сайт. Также можете еще поставить такой-же плагин для Joomla - MP3 Browser Plugin. После установки опубликуйте плагин и в любом материале вставляйте код:

Соответственно музыкальные файлы должны находится в папке images/music, ну или в любой другой, только код должен быть также изменен на другие папки.

По поводу скрипта Watermark. Распакуйте архив и скопируйте папку watermark в корень сайта. А файл .htaccess скопируйте в ту папку для которой будет создаваться водяные знаки. К примеру копируйте .htaccess в папку images/, на все файлы и папки которые находятся в ней будет наложен водяной знак (который находится в папке watermark). Если нужно чтобы знак накладывался только на определенные изображения из определенной папки к примеру images/stories/demo, то файл .htaccess нужно скопировать в папку demo.
Кроме этого Вы можете настроить минимальный размер изображения с которого следует начинать наносить водяной ватермарк. Открываете файл watermark/_watermark.php и переходите на 49 строчку, там увидите:

Цифры 250 это минимальная ширина\высота изображения с которого нужно начинать накладывание ватермарка.

с мп3 разобрался, огромное вам спасибо!

а вот ватермарк не ставиться ... без htacess провернуть низя?