Смотря какие файлы нужно скрыть.
Если ссылки на файлы просто прописаны в любой статье joomla (к примеру - yandex.ru/files/...), то можешь поставить этот плагин
joomfans.com/joomla-plugins/content-hide...v151-for-joomla.html
При его соответствующей настройке и простановки тегов, ссылки будут видеть только зарегистрированные пользователи, а гостям будет отображаться та надпись, которую сам напишешь.
Если используются какие либо компоненты по раздаче файлов, то обычно в них есть правила загрузки для пользователей, просто изменить статус, только для зарегистрированных.