Такс, если по порядку, то:
Прописываем новую модульную позицию , например "menu" в templateDetails.xml
Среди позиций дописываем в список.
<position>menu</position>
Создаем в ксс класс div блока, который будет определять внешний вид.
Далее в код шаблона вставляем в нужном месте код:
<?php if($this->countModules('menu')) { ?>
<div class="созданый_класс_модуля">
<jdoc:include type="module" name="menu" />
</div>
<?php } ?>
Насчет js скриптов надо определяться, например существуют муу-меню, дроп-даун меню, мега-меню от джумл арта, простейшее саккет фишь меню.
Вообще советовал бы выдернуть из Гавиковских шаблонов меню. там в принципе просто, соответствующее ксс + js + фрагменты кода.