Для работы ЧПУ под сервером Lighttpd необходимо в конфигурацию сайта добавить следующие строки:

server.error-handler-404 = "/index.php" 

 И в настройках Joomla! включить ЧПУ с mod_rewrite. Да, все проще чем на Apache. Всего одна строка конфигурации позволяет активировать стандартные короткие URL. Пример всей конфигурации:

$HTTP["host"] == "www.site.com" {
server.document-root = "/srv/www/site.com"
server.errorlog = "/var/log/lighttpd/site.com_errors.log"
accesslog.filename = "/var/log/lighttpd/site.com_access.log"
server.error-handler-404 = "/index.php"
}